Tan Sri Megat Junid mengidap kanser prostat pada peringkat empat sejak 2007. Mulanya beliau menerima rawatan di Singapura. Kemudian di Pusat Perubatan Pantai, Kuala Lumpur sejak 19 November 2007 bagi mengeluarkan darah beku.

Beliau telah menghembuskan nafas yang terakhir pada 24 Januari 2008 jam 5.25 pagi pada umur 65 tahun akibat kanser kelenjar prostat di paha beliau[1]. Kanser itu terus menjangkit buah pinggang, hati, paru-paru dan otak.

Beliau selamat dikebumikan di tanah perkuburan Islam Bukit Kiara. Antara kenamaan yang hadir ialah bekas Perdana Menteri Tun Dr Mahathir Mohamad dan Ketua Polis Negara Tan Sri Musa Hassan, Tan Sri Mohd Radzi Sheikh Ahmad dan Datuk Mohamed Nazri Tan Sri Abd Aziz Yeop. Lain-lain ialah bekas Menteri Penerangan Tan Sri Abdul Kadir Sheikh Fadzir, Ketua Penerangan UMNO Tan Sri Muhammad Haji Muhd Taib dan Presiden MCA Datuk Seri Ong Ka Ting. Hadir sama, Yang Dipertua Negeri Melaka, Tun Khalil Yaakob.